A FMVZ organiza suas atividades de ensino e pesquisa em seis departamentos; cinco desenvolvem atividades nos campi USP da Capital e de Pirassununga  e um exclusivamente em Pirassununga. Eles estão subdivididos por laboratórios e serviços onde são oferecidos disciplinas de graduação e de pós-graduação, projetos de pesquisa, cursos de atualização e especialização, práticas profissionalizantes, entre outros.

Atua em quatro grandes áreas: Anatomia, Anestesiologia, Cirurgia e Diagnóstico por Imagem. Oferece cursos de extensão universitária, por meio dos cincos serviços especializados, junto ao Hospital Veterinário (Hovet) e participa ativamente do Programa de Residência Veterinária.

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Especializado nas espécies canina, felina, bovina, equina, caprina, ovina e ave, englobando estudos em cardiologia, dermatologia, hematologia, nefrologia, neonatologia, pneumologia, fisiologia do esforço, afecções dos sistemas locomotor e digestivo, afecções da glândula mamária, oncologia e doenças nutricionais e metabólicas de bovinos e aves.

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Tem por objetivo desenvolver atividades de formação, pesquisa e extensão, visando a solução de problemas nacionais relativos à Saúde Animal, Saúde Pública Veterinária e Higiene dos Alimentos.

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Desenvolve pesquisas científicas e tecnológicas nas áreas de nutrição e produção nas diferentes espécies animais e colabora em áreas correlatas. Também presta colaboração científica de pesquisa, ensino e extensão universitária a órgãos públicos e privados no Brasil e no exterior.

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Aqui  são estudadas as causas e consequências de doenças infecciosas, neoplásicas e intoxicações em animais domésticos e selvagens, assim como a manutenção e a pesquisa em animais mantidos em condições laboratoriais.

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Desenvolve atividades de ensino, pesquisa e extensão universitária que objetivam a melhoria da eficiência reprodutiva e conservação  das diversas espécies, com o enfoque em manejo, fisiologia, biotécnicas, patologia e obstetrícia de animais domésticos e silvestres.

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